- Than Károly Emlékérem
- Wartha Vince Emlékérem
- Pfeifer Ignác Emlékérem
- Preisich Miklós Díj
- Náray-Szabó István Tudományos Díj
- Fabinyi Rudolf Emlékérem
- Kiváló Egyesületi Munkáért Oklevél
- Diplomamunka Nívódíj
- Egyesületi Nívódíj
- Szent-Györgyi Albert Díj
- Az MKE képviselve van az MTA Kémiai Tudományok Osztálya által adományozott Zemplén Géza Tudományos Díj és a Varga József Tudományos Díj kuratóriumaiban. Az Egyesület a díjakat anyagilag is támogatja.
